Las limitaciones de espacio que el colegio tuvo por muchos años obligaron a San Calixto a optimizar el uso de sus centenarias instalaciones. Gracias a las últimas gestiones de dirección, es estos años se dieron grandes pasos para mejorar la infraestructura de nuestra institución.
Entre los años 1998 y 2000 se adquirieron tres predios en la calle Pichincha bajo la gestión del Lic. Carlos de la Riva, los que permanecieron abandonados varios años.
Posteriormente, el año 2008 es nombrado Director General el Rev. P. Francisco Flores, S.J. (+) quien se constituye en gran impulsor no sólo de la ampliación y de todas las mejoras de nuestro colegio, sino también de dar grandes pasos en la innovación pedagógica. De una manera dinámica y creativa dedicó todo su tiempo al diseño, construcción y equipamiento de las nuevas instalaciones del colegio para dar a los estudiantes toda la comodidad y las mejores condiciones que se requieren en el s. XXI para desarrollar procesos educativos altamente significativos.
Francisco Flores SJ
Se inaugura en 2010 el nuevo edificio del Sistema modular con 17 modernas aulas para 25 alumnos cada una, dotadas de mobiliario nuevo, calefacción central y las mejores condiciones tecnológicas para docentes y estudiantes.
El 30 de julio de 2013 se entregan a la comunidad calixtina las nuevas instalaciones del bloque de Secundaria con 23 aulas, amplias y totalmente equipadas, un Auditorio con capacidad para 220 personas cómodamente sentadas con calefacción central, una cancha semicubierta con graderías, vestuarios y duchas para incentivar el deporte.
Se encomienda la elaboración de una réplica de la Virgen del Colegio para entronizarla en el nuevo edificio en un hermoso altar elevado para cobijarla, desde donde velará por cada uno de los/as calixtinos y calixtinas que diariamente se persignan al pasar.
En 2016, bajo la dirección del Lic. Enrique Gobilard S., se emprenden varias obras de gran importancia para el colegio, como la ampliación del Laboratorio de Informática con 36 equipos de última tecnología, la implementación de los nuevos talleres de Artes Plásticas y Técnica Tecnología, como también la construcción de un moderno comedor, el mismo que acoge cómodamente a más de 250 estudiantes diariamente.
También se iniciaron las obras civiles del cambio total del techo de la Capilla Privado como una forma de preservación de ese patrimonio de nuestro colegio.
San Calixto se renueva constantemente. Centenario y Patrimonial pero innovador y moderno pese a los 134 años de vida sirviendo a la educación.
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